Mientras tanto, la paranoia de la gente por una guerra nuclear aumentó, lo que llevó a una empresa conocida como Vault-Tec a presentarle al gobierno de Estados Unidos un nuevo proyecto para salvar vidas en caso de una guerra nuclear: Los Vaults o Refugios, enormes instalaciones subterráneas, en un principio autosuficientes que protegían a sus habitantes de la radiación durante decenas o incluso cientos de años. Pese a que Estados Unidos necesitaba más de 400.000 Vaults para proteger a toda su población, tan sólo se construyeron 122 y ni siquiera todos ellos tuvieron un destino feliz. La gente que quedó fuera de los Vaults buscó refugio en las cámaras de preservación Puwolski, competencia directa de Vault-Tec, que decían poder proteger a una sola persona de la radiación.
El 23 de octubre de 2077, unos 82 estudiantes de la escuela Early Dawn, junto a unos cuantos profesores y padres de familia, fueron de excursión a las cuevas de Lamplight, en las afueras de la ciudad. Pasaron varias horas explorándolas, pero cuando se disponían a salir de repente las cuevas temblaron y las luces se apagaron. Un adulto fue enviado a ver qué pasaba y a su regreso informó de una terrible noticia: toda Washington etaba cubierta con nubes en forma de hongo.
La guerra nuclear se había iniciado, terminando en apenas dos horas y devastando el 75% de USA además de un número indeterminado del resto del globo según se dedujo de los informes de misiles balísticos enviados desde San Francisco. Antes del ataque mucha gente tomó las alarmas como meros simulacros, sin embargo hubo otros tantos que lograron llegar a los Vaults antes de que fuera demasiado tarde. Poco después solo se sintió un temblor, como un terremoto y todo quedó en silencio.
Washington D.C. quedó destruido, y contaminado. Quién lanzó la primera o la última bomba, nadie lo sabe; el mundo entero quedó contaminado con radiación. La gente que usó las cámaras Puwolski murieron, pues eran ineficaces para proteger de la radiación Gamma, y no tenían suministro de agua o alimento suficientes. La excursión de Lamplight comenzó a mermar: los adultos morían por las exposiciones a la radiación al salir al exterior en busca de ayuda hasta que los niños finalmente quedaron solos. Ocasionalmente encontraron el Vault 87, pero sus habitantes no les ayudaron, dado que comprometía la seguridad del Vault (este factor siempre ha sido, y será, controversial dentro del juego, pues la seguridad del Vault, de parte de sus residentes, la logran a costa de la vida de otros). Viendo que no les ayudaban, pronto los niños desistieron y dentro del entramado de cuevas crearon una nueva comunidad : Little Lamplight. Paradógicamente con el tiempo este lugar continúa siendo habitable mientras que el Vault 87 terminó altamente contaminado por la radiación.
Mientras, la vida en Washington comenzó a renacer. La gente que quedó muy expuesta a la radiación, y vivió para contarlo, comenzó a sufrir cambios: su piel se tornó reseca, y comenzó a desprenderse. Estos seres se terminaron transformando en Necrófagos y establecieron una comunidad llamada Inframundo en el Museo Nacional de Historia Natural (Tomaron directamente el nombre de la exposición temporal, que trataba sobre el infierno y la vida luego de la muerte). Fuera de Washington, la gente adinerada consiguieron vivienda y refugio en una especie de apartamento de primera clase, llamada Torre Tempenny, donde se desprecia a los Necrófagos; paralelamente, los sobrevivientes del pueblo de Springvale ocasionalmente usaron restos de aviones y construyeron Megaton alrededor del crater formado por una bomba nuclear sin detonar. Otra gente, en Washington, ubicó un viejo portaaviones encallado y lo transformaron en Rivet City. Un grupo de gente consiguió refugio en la vieja instalación de la "Galaxy News Network", y la reetransformaron en la Radio Galaxia.Pero no todo fue paz y felicidad. La radiación hizo mutar a los seres vivos. Ocasionalmente, los perros fueron más bravos, los osos más feroces, las hormigas y ratas más grandes; los Necrófagos que terminaban perdiendo la razón se convertían en Necrófavos salvajes, desnutridos, vestidos con harapos pero bravos luchadores; experimentos científicos llevados a cabo por el Enclave con el fin de crear soldados invencibles dieron como resultado seres de piel amarilla, llamados Super Mutantes. Algunos mutaron finalmente en bestias gigantes llamadas Super Mutantes Behemoths. Otros humanos simplemente se transformaron en una especie de bestia llamada Centauro. Las moscas se convirtieron en horribles cosas voladoras, y las cucarachas aumentaron su tamaño. Pronto, aparecieron extraños objetos voladores: vehículos aéreos parecidos a V-22 Osprey. Se hacían llamar el Énclave y se autoproclamaban los sucesores del gobierno de los Estados Unidos, su plan dista mucho de proteger a la gente. Paralelamente, llegaron personas en extrañas armaduras, que hicieron del Pentágono su base de operaciones: hablamos de la Hermandad de Acero y su base fue llamada la Ciudadela.
Y mientras todo lo anterior sucedía los Vaults y sus habitantes seguían su propia suerte en mayor o menor medida aislados del mundo exterior... Como se dijo anteriormente el Vault 87 acabó contaminado con dosis excesivas de radiación. Los habitantes del Vault 112 fueron ingresados en una especie de realidad virtual por su demente Observador/Supervisor el doctor Braun. Y el Vault 101 permaneció cerrado. Pero hubo una época en la que enviaron equipos a investigar los alrededores, y fue cuando un científico y un bebé llegaron al Vault101 y pidieron ser aceptados como residentes a cambio de servicios médicos. Fueron aceptados integrándose en la comunidad como si siempre hubieran estado allí. El científico que conocía bien los alrededores del Vault 101 fué tambien el líder del Proyecto Purity o Pureza. Y es allí cuando entras tú en el juego, desde bebé.
